La Arqueología de la Arquitectura surge en Italia. El término fue acuñado por Mannoni en 1990, y desde entonces congresos y encuentros internacionales se han sucedido de cara a agrupar experiencias en investigaciones en las que se ha aplicado el método arqueológico al estudio de los edificios. Se aplica el método estratigráfico sobre el alzado del edificio, a partir del cual se crea las UEM: Unidades Estratigráficas Murarias. En edificios que están por encima de la cota cero no se solía investigar, ya que no se pensaba que se pudiese extrapolar nada. Sin embargo, los arqueólogos han empezado a hacerlo, y se ha visto la utilización de materiales romanos e islámicos, por ejemplo, en edificios que antes se pensaban generados por completo en un mismo momento (la realidad es que sobre estructuras más antiguas se aprovechaba para construir otra cosa).
La Arqueología de la Arquitectura es actualmente una disciplina -o una especialización técnica y temática de la Arqueología- practicada tanto por arqueólogos como por arquitectos y restauradores que comparten algunos puntos de vista comunes. Éstos pueden ser, en primer lugar, la consideración del edificio como un documento histórico, una fuente de primera mano per se (en realidad se trata de un yacimiento de carácter pluriestratigráfico). También, la conciencia de que cualquier restauración comporta una destrucción de parte de ese yacimiento, por lo que es necesario documentarlo y conocerlo para definir proyectos de intervención. Otra característica es el uso de un conjunto de instrumentos de documentación y análisis de la arquitectura resultado de la aplicación de la Arqueología al análisis de la arquitectura, generalmente no destructivos, y que se emplean de forma independiente de su formación.
Desde hace dos décadas, el análisis estratigráfico se viene aplicando a las fábricas arquitectónicas con el objetivo del conocimiento y la formulación de hipótesis de periodos constructivos. Este tipo de análisis representa además un momento de reflexión para el proyecto de restauración arquitectónica. El análisis estratigráfico de la arquitectura brinda un cuadro abundante de los datos materiales que pueden ser objeto de conservación o eliminación según el criterio del proyectista, basado en su sensibilidad, conocimiento, intención, etc. El análisis estratigráfico no proporciona ningún tipo de indicación sobre la modalidad del proyecto más adecuada a cada caso y no es garante de la conservación de la información estratigráfica. Efectivamente, la elaboración de un mismo análisis estratigráfico puede generar proyectos de restauración completamente diversos.
Las premisas teóricas de la Arqueología de la Arquitectura no difieren, en lo fundamental, de las que rigen otras ramas arqueológicas: consiste, en última instancia, en el salvamento mediante el registro científico de un documento histórico que se presenta con las características arqueológicas de estratigrafiado y tipológico.
La Arqueología de la Arquitectura plantea un problema arqueológico novedoso, el análisis unitario de subsuelo y estructura. Se debe lograr, al menos, una unidad básica de metodología, de modo que los resultados de las dos intervenciones se puedan unificar o, como mínimo, sean fácilmente comparables. Además, como es sabido, la secuencia del edificio y la del subsuelo no tienen por qué ir paralelas, de modo que obtener la lectura de los paramentos no supone conocer automáticamente la del subsuelo y al contrario.
Si la Arqueología de la Arquitectura plantea problemas normativos respecto a la excavación arqueológica, evidentemente también los plantea con respecto a los profesionales de la Arquitectura. De sobra se sabe que el método estratigráfico no es original de la Arqueología, sino que procede de la Geología, aunque necesite para el paso de una a otra de correcciones instrumentales. Básicamente, ambas estratigrafías son similares, como lo es la de la arquitectura histórica. Esta sencilla argumentación basta para aceptar que los arquitectos, como los geólogos, los prehistoriadores o los arqueólogos, la utilizaran como método de análisis. Además su utilización, como método e instrumento, facilita el estudio de la patología de los edificios.